Главная причина закручивания в воронку в том, что устремляясь в слив, потоки воды с разных сторон от точки слива сталкиваются между собой и их ламинарного состояния переходят в турбулентное. А в таком состоянии именно вращающаяся воронка и будет кратчайшим и самым энерго-не-затратным путём для попадания воды в слив.
Похожие процессы проявляются, например, в реках, когда вода обтекает какой-то, например идеально круглый предмет, остров, и в месте стыка потоков за этим предметом видны подобные вихри.
Действительно, природа смерчей и циклонов та же. Восходящие потоки, когда они превышают некую критическую скорость, взывают аналогичное турбулентное закручивание масс воздуха вокруг восходящего потока воздуха. И чем больше скорость восхождения, тем сильнее будет закручивание. Тем мощнее будет циклон или смерч.