Тогда уж не понятие, а явление.
У меня два возможных объяснения.
1) У нас есть совесть, потому что нас так "выдрессировали".
Есть поведение выгодное обществу и есть "антиобщественное" поведение. Родители с детства учат детей плохо относиться к "антиобщественному" поведению. В коллективе, в государстве есть поступки, которые формально или неформально запрещены. Человека, который совершает или склонен совершать "антиобщественные" поступки осуждают, считают плохим, подвергают остракизму и презрению
Когда человек, наученный осуждать и ненавидеть, например, эгоистов или развратников, обнаруживает, что он сам имеет такие склонности, он начинает осуждать и ненавидеть сам себя, мешать себе жить и мучается от этого. Это и называется - "муки совести"
2) Врождённое. Выжили те стаи наших предков, у которых были склонности к совести, эмпатии и т.д. Не исключаю, но сомневаюсь: слишком содержание совести зависит от культуры, группы и т.д.