Наука, разумеется, познает не созданное наукой- но в выборе атома в качестве символа, думаю, это роли не играло.Просто картинка атома выглядит эффектно-и ее нельзя ни с чем спутать.Трудно было бы выбрать другой, столь же понятный символ- да и понятие атома выдвинуто еще древними учеными.Хорошо подчеркивает атом преемственность науки..