я, конечно, не настолько погруженный в тему генетик...
впрочем, могу предположить, что ядро эукариотов необходимо именно для сохранения днк неповрежденной до клеточного деления, а сам клеточный вид наиболее стабильным, чего при горизонтальном переносе достигнуть весьма сложно (что и характеризует безъядерных как изобильно мутирующих и изменчивых). Однако безъядерные обзавелись как минимум двумя приспособлениями для защиты днк, которые также предотвращают днк от изменений извне. Поэтому они сохранились до сих пор, и количество видов (включая штаммы и их серотипы) многократно превосходит видовое разнообразие эукариотов.
