Разница примерно такая же, как между подлежащим и сказуемым, пространством и временем, предметом и действием.
Нулевая гипотеза, как и любая другая гипотеза - это некое утверждение, которое следует как-то доказать или опровергнуть. Нулевая гипотеза утверждает, что одна измеряемая величина, не зависит от другой измеряемой величины.
Метод от противного - это один из способов опровержения гипотез, в том числе нулевых.
Рассмотрим данный конкретный случай:
Все изотопы химических элементов стабильны
Здесь речь не идёт о наличии или отсутствии какой-либо зависимости. Эта гипотеза не из разряда нулевых. Она опровергается по-другому. Поскольку здесь присутствует слово "все", лучше всего применить метод Поппера, привести контпример - тритий имеет период полураспада 12,32 года. Следовательно не все изотопы химических элементов стабильны.
