Вижу несколько нарушений логики в самом вопросе:
Масса атома водорода - ..., а дипротона - ...
Сравниваются обычно сравнимые вещи. Дипротон - это частица, состоящая из двух протонов, а атом - это уже более сложная конструкция. Они не обязаны быть равными или кратными по массе.
Должны ли быть кратными массы протона и дипротона? - это уже другой вопрос. Смотрим исходные данные в поисковиках: Дипротон очень нестабилен. Период полураспада около одной миллиардной секунды. Поэтому масса экспериментально определена очень плохо - около 2 атомных единиц массы. Прочие цифры после запятой ещё не определены.
Энергия связи не должна уменьшать массу. Энергия связи, как и любая другая энергия, создаёт эффект положительной массы. О получении отрицательной энергии и массы пока только мечтают.
