«Только в своих» вряд ли. Скажем месторождения металлических руд созданы зачастую (всегда?) микроорганизмами, которые используют металл в своём жизненном цикле. Например, живут на воде богатой Fe+2, получают энергию доокисляя железо, а окись железа уходит в осадок. Но когда-то, пусть не скоро, Fe+2 кончится. И как быть? Кстати, нужен ещё и кислород, а он вырабатывается другими «организмами» (оксигенными фотоавтотрофами)
Или, в желудке человека ~ 1 кг микроорганизмов. Абсолютно большая часть — некультивируемые, т. е. На искусственных средах не растут.
Я представляю идеальную биосистему так:
Организм А использует на входе «вещество» А1, выдавая на выходе А2. Организм Б использует на входе «вещество» А2, выдавая на выходе А1, замыкая цикл. Так можно жить долго и счастливо.