Собственно противоречия и являются одним из источников развития науки. Каждая новая теория появляется тогда, когда накапливается материал, противоречащий или выходящий за рамки теории.
Другое дело учёные.
Часть учёных, не смотря на мнение других, развивает новые теории, которые развивают науку для разрешения существующих противоречий и нестыковок.
Другая часть учёных держится за старые теории, на работе по которым они получили свои хлебные места, и старается не допустить активное развитие новых теорий ученых первой группы.
Т.е. всё как у людей. )
Первая группа иногда видит, что факты не могут быть объяснены чисто материальными теориями. Вторая называет их мистиками-шарлатанами. )
Например генетики так называют сторонников волнового генома, но сами не могут толком объяснить ряд вне генетических фактов передачи генетической информации. Например, подтвержденный практикой заводчиков породистых животных, закон телегонии.
Эта идеологическая борьба часто тормозит разрешение наукой имеющиеся противоречия.
Поэтому часто такие противоречия решаются через поколение. Когда уходят адепты старой теории.