Гипоталамус скрыт в "центре мозга", окруженного твердой оболочкой и черепными костями и слоем кожи с волосистым покровом, как раз для того, чтобы не было возможности контакта с внешними раздражителями.
Однако капсаицин реагирует (встраивается) с рецепторами, т.е. нервными волокнами, гипоталамус реагирует на этот сигнал "жара" соответвующим образом: активирует гормоны для активации парасимпатической системы, в частности: кожных пор и расширения сосудов для сброса пота или температуры, поэтому мы дуем - так быстрее охлаждается.
как действует непосредственно на клеточную оболочку тканей или нервов, я не знаю, тут необходимо уточнять будет ли это само вещество (порошок) или какова концентрация и какой растворитель использовался для раствора, рассчитывать его кислотность, соленость и т.д.